Meine Theorie wäre gewesen, dass wenn man das Spiel abwechselnd auf verschiedenen Wegen startet, die Einstellungen überschrieben werden.
Was passiert denn, wenn du die Einstellungen vornimmst und dann (nach dem Schließen des Spiels) die settings.script in Ordner Eigene Dateien\Cities in Motion öffnest? Was steht dann da?
Vielleicht kann man, wenn man diese Datei auf "schreibgeschützt" setzt, die Einstellungen sichern? Oder meckert dann das Spiel?
Die Desktopverknüpfung auf das Spiel läuft übrigens standardmäßig über Steam, man kann aber die .exe auch direkt ausführen unter C:\Programme(\Steam\SteamApps\common)\Cities In Motion\Cities in Motion.exe