Hatte das Problem auch schon öfters.
Meine Lösung ist immer, dass ich die betroffene Straßenbahn in ein anderes Depot verschiebe und anschließend wieder ins das der richtigen Linie. Die folgenden Bahnen fahren bei mir i.d.R. an der Stelle einfach weiter.
Das ist einfacher als die Linie zu deaktivieren oder gar neu zubauen.